在 GitHub 上让科学更开放

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Arfon Smith 在 GitHub 工作，并参与多项活动，这些活动位于开放科学、开源和在线研究的交叉领域。他曾参与多个成功的公民科学项目，如 Zooniverse，这是一个他共同创立的平台，人们可以在此分析真实的天文数据并做出重大贡献。自从加入 GitHub 以来，Arfon 已经将其关注点扩展到 GitHub 如何帮助学术合作更像开源合作。

通过本次访谈，了解更多关于 Arfon Smith 如何实现他的梦想职业。

是什么促使您构建“公民科学项目”？

回溯过去，我大学学习化学，后来获得了天体化学（太空化学）博士学位。在我的博士期间，我编写了很多代码，但在那时，像大多数学术程序员一样，我真的不了解任何关于软件开发的知识，例如如何使用版本控制。

在我的博士学位即将结束时，我意识到我对我正在编写的代码以及它产生的科学成果同样感兴趣。我开始尝试使用 Web 框架，例如 Ruby on Rails（那是 2006 年，对于 Rails 来说还处于早期阶段），我非常喜欢为 Web 构建工具。我认为这是我博士后转向学术软件的主要原因之一。在一家网络营销机构短暂担任开发人员之后，我加入了剑桥 Wellcome Trust Sanger Institute 的 Production Software Group，并构建了 Rails 应用程序来管理即将进行 DNA 测序的生物样本的处理。

在 Sanger 短暂但非常愉快的一年后，我加入了牛津大学的 Galaxy Zoo 团队，并与 Chris Lintott 共同创立了 Zooniverse，担任该项目的技术负责人。在接下来的五年里，我负责构建（后来领导一个团队完成所有艰苦的工作！）超过 20 个公民科学项目，吸引了超过 100 万公众成员在线进行真正的科学研究。

我在 Sanger 和 Zooniverse 的角色都是关于为科学构建更好的工具。Sanger 对我来说是一个形成时期，因为在校园里充满了生物信息学家，这是一种令人大开眼界的体验：这些人的专业知识不是纯粹的生物研究，而是构建工具以促进和推进该研究领域的工艺。来自天体物理学，天体信息学领域仍然非常小众，看到当大量资源投入到混合技术/科学领域时可以完成的事情，真是令人瞩目。

您是如何加入 GitHub 的？

我加入 GitHub 是因为我（并非独有）观察到，在当前的学术模式中，科学软件开发人员的角色并没有真正得到认可或奖励。随着我在 Zooniverse 的角色演变以及我的团队壮大，我花费越来越多的时间思考如何为这些人建立职业生涯。就目前的情况而言，如果你想在学术部门取得成功，那么你可能应该在高影响力的期刊上发表大量论文。然而，随着研究变得更加数据密集型，越来越多的学术活动被编码在软件中，而这些软件通常不会像论文那样获得相同的认可。

我认识一些在 GitHub 工作的人很多年了，并且一直是这个产品的忠实粉丝。去年，我们开始讨论 GitHub 可以做些什么来支持那些编写软件并在 GitHub 上分享的研究人员。

您在 GitHub 的工作是什么？典型的一天是怎样的？

广义上讲，我在 GitHub 的工作是使其成为研究人员分享其工作的更好场所。实际上，有很多方法可以实现这一目标，因此典型的一天可能包括以下任何活动

帮助研究人员将版本控制融入到他们的工作流程中
在就产品开发向 GitHub 内部团队提供建议时，成为学术用户的声音
与社区合作伙伴（如数据发布商、政府机构和期刊）合作，以确保 GitHub 在学术生态系统中提供价值
为希望使用 GitHub 的学术用户开发（和交付）资源

您参与了多个合作项目，例如 Mozilla Science Lab 的科学可持续软件研讨会。您能否详细介绍一下您在 GitHub 的总体目标，以改善科学领域的合作状态，尤其是在源代码、数据、出版和可重复性方面？

我花了一段时间才达到这一点，但我现在使用的一句话工作描述是，我正在努力“将开源社区中普遍存在的共享和信用机制引入学术界”。这个描述远非完美，但它指出了我试图解决的许多问题。

每天，数百万人通过 GitHub 进行协作，共同构建比他们自己能够生产的更好的东西。我的目标是让研究人员以同样的方式协同工作，对他们的工作进行版本控制，重用（并基于）他人的工作，并因这些活动获得认可。软件编码了学术产出中不断增长的部分，但作为一名研究人员，如果你想因为你编写的软件获得认可，你仍然需要发表一篇关于它的论文。David Donoho 在将这些论文描述为“广告”时，一语中的。我认为这里有很多机会。

可重复性是一个有趣的话题，也是我非常感兴趣的话题。在我看来，可重复性是使用更好的工具（如 Git）来更有效地捕获研究出处的副产品。我认为构建以使研究“可重复”为主要目标的工具是一种失败模式。作为一个社区，我们应该专注于构建使人们的研究生活更美好的工具。最终，我相信随着个体研究人员从使用更好的工具中获益，以及我们开发用于共享更多研究成果的信用机制，研究将变得更加可重复。