探索科学领域的可持续软件

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第一个关于“科学领域的可持续软件:实践与经验”的研讨会于 2013 年 11 月 17 日在科罗拉多州丹佛市的超级计算会议上举行。本次会议由爱丁堡大学的软件可持续发展研究所和国家科学基金会组织,旨在探讨如何创建可持续的软件平台,以最好地满足科学研究的需求。

在研讨会之前,计划参加的人被要求贡献文章,以开放许可方式分发,并提交给提供数字对象标识符 (DOI) 的服务,例如 arXivFigshare。我们被严格限制在四页以内,并设定了提交截止日期。在 Kitware,我们撰写了一篇关于“开放科学的可持续软件生态系统”的文章。在其中,我们(简要地)概述了 Kitware 在开发科学开源软件方面十五年的实践和经验。接受提交的最终和完整列表可在此处查看。每篇文章在发表后但在研讨会之前都经过了评审,并根据研讨会上提出的专题小组进行了分类。

会议记录是整个研讨会期间共同努力的结果,包括指向两个主题演讲的链接。Philip E. Bourne 谈到了“可持续软件的配方”,最近被 GitHub 聘用的 Arfon Smith 谈到了“科学软件与开放协作网络”。两位主题演讲者都认识到软件对科学的重要性以及当前学术界对此缺乏认可。在这些主题演讲结束后,小组讨论开始,事先已将投稿论文分配给每个小组。

很高兴看到如此广泛的论文主题。我认为在过去的几十年里,科学研究越来越依赖软件,但软件工具的开发几乎没有得到认可。正如主题演讲所指出的,这种情况需要改变,并且必须 earmark 资金来开发重要的工具。促进重用和扩展的最佳方法是通过使用宽松的开源许可证,以便可以在跨组织障碍的情况下协作开发共享软件平台。一篇论文发表了总结所有接受的投稿,并且希望将来能够撰写更完整的论文。

理想情况下,需要在学术界建立可持续的职位,并为在科学软件开源软件服务等领域进行创新的软件公司建立可行的商业模式。

特别合适的是,第一次会议由超级计算会议主办,开源在其中发挥了至关重要的作用,这在很大程度上是由于超级计算机上的许可问题(按核心收费),以及源代码的可用性使研究人员能够快速调整软件以部署在异构架构上。我期待进一步探索如何促进科学领域的可持续软件,并调整奖励和资助机制以鼓励理想的结果。我认为资助机构和大学对开源的更大认可在这里至关重要。

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Marcus D. Hanwell
Marcus D. Hanwell | Marcus 领导开放化学项目,开发用于化学、生物信息学和材料科学研究的开源工具。

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