一位科学家呼吁开放获取研究出版物

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Publishing the open source way

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我记得小时候对科学着迷,并产生了学习一切事物如何运作的强烈渴望。我喜欢科幻小说,看到作家们探索可能未来的边缘,将可能的可行性推演到极限。随着年龄的增长,我开始攻读物理学学位,我更加确信自己想成为一名科学家,并且对真正的科学是什么有了一个愿景。我记得博士工作的最初几个月相当令人失望,我了解到论文常常缺乏重现关键反应所需的必要细节,或者我无法访问某些论文,因为它们的年代久远或发表的期刊。

我努力研究我的课题,渴望产生影响,并更多地了解我发现有趣的东西,并且我希望有一天能带来新的发现。一旦我有足够的成果可以发表,我就开始撰写我的第一篇论文,我的导师鼓励我将这篇论文发表在我们研究领域合适的期刊上。我从未真正考虑过出版的低级细节,但对一切事物看起来都是片面的感到震惊。我在实验室里没日没夜地工作了几个月,尽可能多地了解我的领域,我的时间和材料由英国的研究委员会之一使用公共资金资助。一旦文章准备好提交,我就经历了许多繁琐的步骤,包括签署放弃我们对提交作品的所有权利,更正审稿人指出的任何问题,并最终将其发表。然后,我们合作发表的公司将它卖回给我们,我的许多朋友和家人都无法访问它,尽管我和我的大学都没有得到任何补偿。

我记得对这个系统感到非常失望,但当我被要求时,我仍然继续发表文章,因为我知道如果我想继续从事学术生涯,这是必不可少的一步。我的发表率相对较低,在物理学和化学之间的界面上研究各种纳米材料及其新颖的性质。后来,我开始从事博士后研究,除了过去做过的实验工作外,还更加关注计算模型。这很有趣,但我意识到我也正在进入一个出版似乎比以往任何时候都更具限制性的领域,例如,对于我们认为可行的研究发表途径的许多期刊来说,明确禁止预印本。

一旦我离开学术界,我才意识到世界有多么不同——我过去进行的研究现在对我来说是无法访问的,被学术付费墙挡在了外面。过去,当我找到一篇论文并且摘要看起来很有趣时,我可以简单地点击全文链接并获取论文。如果事实证明它不是很相关(大多数时候都会发生),我可以关闭文章并继续搜索。现在我失去了我的学术 IP 地址,失去了我在富裕的西方大学习惯于“免费访问”的所有期刊,我只能从摘要和文章图形中收集我能得到的东西。我变成了Peter Murray-Rust 称之为“学术贫困者”,一位高素质的科学家基本上被学术付费墙排除在科学过程之外。我再也无法关注我所在领域的发展,如果我选择离开学术界后发表更多关于我研究的文章,我也将无法在发表后阅读它。

我们最近发表了一篇关于 Avogadro 的论文,Avogadro 是一种跨平台、开源的分子编辑器和分析软件包。该论文总结了大约五年开发工作的成果,这些成果分布在一个分布式团队中,他们投入了一些应用时间和大量的业余时间。我们讨论了这项工作的几个可能的发表场所,但我可以肯定的一件事是,我希望看到它发表在开放获取期刊上,并且使用宽松的 CC-BY 许可,以便其他人可以自由地重新分发这篇文章。我与合作者在 Journal of Cheminformatics 上共同撰写了 几篇 论文,经过一些讨论后,我们认为这也是发表 Avogadro 论文 的好地方。我们发表的工作与典型的学术文章有些不同,但在我看来,我们的核心目标仍然相同:总结我们所做的工作,我们认为什么是新颖的,并提供一个可以被引用和进一步发展的参考文献。

对于像我这样在小企业工作的人来说,更困难的方面之一是如何资助作者的出版费用,以及如何向我们的管理层证明这笔费用的合理性。在这种特殊情况下,我们非常幸运地得到了正在进行的合作的支持,但在未来,我希望制定一项策略,使我们能够发表开放获取文章。我们必须能够证明开放获取出版商是合法的,而不是虚荣出版物或其他试图从我们身上榨取金钱的可疑出版商。显然,越来越多的资助机构正在使这件事变得更容易,但对于处境不太传统的科研人员来说,即使他们希望使用开放获取期刊发表文章,也可能很难找到必要的出版费用。

最终,Avogadro 论文的发表是一次有益且积极的经历,我非常高兴这篇论文可以永久地提供给所有人。我知道我可以自由地在其他地方使用文章中的任何图像或文本,这归功于宽松的许可和我们保留的版权。我们仍在等待文章的最终 PDF/HTML,但这与其他低效率问题与封闭获取期刊的情况相当。我内心的理想主义者认为,无论付出什么代价,我们都必须努力建立一个研究社区,在这个社区中,出版不仅仅是为了影响因子,而是为了有意义地与更广泛的社区(包括科学家和普通大众)交流我们的工作成果。我认为科学在主流媒体中遇到困难的原因之一是,我们中的许多人被教导要写出在很大程度上难以理解且不必要地冗长的文本。

我们需要更加努力地让人们参与到我们正在做的工作中来,特别是我们这些由世界各地各种研究机构和信托基金资助的人。我们需要对那些对我们的工作索要过多权利的出版商采取立场,而由于我们收到的资助,我们免费将这些权利给予了他们。我再也不会自愿以第一作者的身份在封闭获取的文章中发表文章,并将我的所有权利转让给出版商而没有任何补偿。如果我的合作者决心在这样的期刊上发表文章,我会遵守;但我会鼓励他们考虑开放的替代方案。我希望我的儿子在一个科学家关心使其工作成果易于获取的世界中长大,在这个世界中,他们必须承担责任,并且他们必须发表包含足够信息以重现其工作成果的文章。如果研究成果是不可重现的,那么发表它又有什么意义呢?如果仅仅是为了在终身职位/未来资助决策中获得积分,那就表明当前的出版物评估方式存在更深层次的问题。

最初发布在 Nature.com 的 SpotOn 博客上。经许可转载。

Marcus D. Hanwell
Marcus D. Hanwell | Marcus 领导开放化学项目,开发用于化学、生物信息学和材料科学研究的开源工具。

4 条评论

封闭源科学可能根本不存在。

任何全部或部分使用公共资金完成的研究都必须免费公开提供并可自由再分发。

不幸的是,在我的领域(物理学)中,在任何人都会阅读的开放获取期刊上发表文章的成本远高于 1,000 美元。当您考虑到大多数阅读这些文章的人无论如何都可以通过大学/公司访问它们时,这是一笔相当高的费用。

现在,我同意通过大学图书馆提供所有这些文章存在隐性成本,但是,作为在有限的拨款下运作的人,根本没有办法证明增加开放获取出版费用的合理性。

我同意开放获取出版的前期出版成本可能令人望而却步,在一家小公司工作,我对此的感受与您可能感受到的相同(如果不是更多的话)。您也证明了我的观点,即对于大多数学者来说,当前的系统基本上是“免费”的,就他们而言(就像我在学术界时的感受一样),从而造成了一种虚假的节省,而实际上机构间接地承担了费用。即使对于哈佛大学等最富裕的大学来说,这些期刊订阅的成本也变得无法维持。小公司根本负担不起高昂的订阅成本,而且每篇文章的费用也太高,无法通过购买临时访问权限来检查论文是否相关。

您可以将出版成本纳入预算,大多数期刊也会为那些没有可用资金的人提供豁免。大多数资助机构都非常支持资助出版成本,但即便如此,时间安排也可能是一个真正的问题(在资助有效期间出版等)。还有其他选择,例如在 arXiv 中发布预印本,这是免费的,并且可以让所有人都能访问您的工作。我们需要作为一个社区共同努力改善这种情况,并意识到公共资助的研究成果不应被私有化,而应向所有人开放。

公共资助的研究不应将其成果和出版物归私人组织所有,这是理所当然的。然而,这幅图景中缺失的部分是监管。应该有一种礼仪,禁止公共机构首先将研究成果导向私人手中。此外,如果私人组织希望独家出版研究成果以获取利润,则应向研究人员支付版税,并允许公众以象征性费用访问(或许不使用官方的昂贵纸质发行渠道,而是通过低成本渠道,例如 FTP 服务器)。
从实际的角度来看,我认为正确的出版模式应该是,研究人员应将其成果发送到公共档案馆,在那里由公众提名的委员会进行同行评审,以保护出版质量。然后,当论文准备好发表时,可以使用统一费率将其提供给私人出版商以获取报酬。如果在给定的等待期内没有出版商接受它,则该论文将在档案馆中免费发表。如果论文最终在私人出版物中发表,则该出版物受我上面列出的限制约束。在任何情况下,论文都不会被公众拒绝访问。

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