多年来,开源代码开发的优势对于软件开发社区来说是不言而喻的:透明度带来协作,协作带来更好、更安全的代码。科学界才刚刚开始理解这些优势。
日益增长的开放科学运动正在使用同样的经验教训,使科学过程更加透明,从而使研究结果更具可重复性。为了实现开放科学的益处,我们必须使用广泛的研究工具来提高透明度,这将提高可发现性、再利用性和协作性。
为此,开放科学中心 (COS) 正在资助 GitLab 和 开放科学框架 (OSF) 之间的整合开发,并正在寻求开源社区的感兴趣成员为此做出贡献。
严酷的现实
与开源软件一样,科学合作促进了知识的进步。但存在一个严酷的现实:科学家面临着巨大的压力,要发表积极和创新的成果。
由于这种发表压力,没有产生重大发现的研究往往会“丢失”在文件抽屉里。这使得研究文献产生偏差,使其看起来比现实更美好。对科学家的激励往往只关注发表。
但正如 David Donoho 指出的那样,发表是为研究做广告,而不是研究本身。研究,包括方法论、收集的数据、分析代码和生成该内容的工作流程,是封闭的、被忽视的、被遗忘的或丢失的。这可能是已发表科学研究可重复性低的一个重要原因。
然而,这种情况正在改变。资助者、学会和其他组织正在认识到整个研究生命周期中开放性的价值。此外,许多商业和非营利组织正在构建新的工具和服务,以使共享研究内容和工作流程变得容易和理想。
新的基础设施
COS 是一家位于弗吉尼亚州夏洛茨维尔的非营利性科学技术公司,正在构建免费的开源基础设施作为公共产品,以支持开放科学运动。COS 的使命是提高研究的开放性、完整性和可重复性,它支持拥抱开放科学实践的社区,开展元科学研究,并开发和维护免费的开源软件——主要是开放科学框架 (OSF),这是一个支持项目管理、数据和材料存档以及维护整个研究生命周期版本历史的 Web 应用程序。同时,OSF 集成了公共和私有工作流程,使研究人员通过与他人共享数据和项目材料,可以非常容易地“走向开放”。
OSF 的功能包括协作 Wiki、自动文档版本控制、细粒度的隐私控制以及项目分支的能力。OSF 通过 抽象 API 连接到研究人员已经使用的工具,从而在研究人员“所在地”满足他们的需求。作为应用程序框架,OSF 将研究人员使用的服务集中在一个地方,以便他们可以专注于他们的科学,同时提高工作流程的效率。目前,OSF 连接了存储提供商 Dropbox、Amazon S3、Google Drive、GitHub、Dataverse 以及引文管理工具 Zotero 和 Mendeley。
在整个研究生命周期中,还存在数百种其他工具和服务,研究人员可以使用这些工具和服务来管理项目、收集和分析数据、跟踪手稿以及审查和提交文章。COS 正在支持许多开源贡献者团队通过 抽象 API 连接其他服务,例如:Vivo(搜索和发现工具)、DMPTool(数据管理计划工具)、Evernote、Galaxy、PsychoPy 和 Open Sesame—获取材料和收集数据,JASP(分析工具)、OneDrive 和 ownCloud(存储服务)、Zenodo、Dryad 和 ShareLaTeX(存储库和创作工具),以及 Open Journal System (OJS) 和 Ubiquity Press(出版平台)。
展望未来
扩展与其他工具的连接有助于科学家提高其研究的有效性、效率和可重复性。OSF 用户多次要求与 GitLab 集成,我们正在寻求开发人员来创建这种连接。
我们也鼓励开源社区的成员探索 OSF 及其代码仓库,以寻找更多服务于开放科学运动的集成和开发可能性。如果您或您认识的人对开源开发充满热情,或者认同我们改进科学的使命,我们正在积极寻找人员来使用这些资金或加入我们的开发者团队。
COS 还提供有选择性的带薪实习计划,软件开发人员可以在其中获得宝贵的职业经验,作为致力于为科学界做出贡献的团队的一部分,从事免费的开源软件工作。许多实习生致力于 OSF 的面向用户的问题,包括与第三方服务的集成。COS 致力于扩展其提高研究的开放性、完整性和可重复性的使命,为科学家开发免费的工具和服务。开源软件社区更广泛的参与将扩大和改进现有的努力。
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