开放数字科学期刊获得用户

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Is Occupy Wall St. really an "open source protest?"

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早在2000年,医学影像社区就将开源作为一种标准实践来拥抱,当时采用了 Insight Toolkit (ITK)。ITK 由美国国家医学图书馆赞助,并 构建为 C++ 库。它相当于一本可用的图像处理算法百科全书。


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从 2000 年到 2005 年,开发团队意识到,开发和维护 ITK 的大部分工作都致力于将技术文章中发布的算法转换为可运行且可维护的代码,以便在更大的社区成员之间共享。正是通过这项努力,开发团队决定需要一种新型的出版场所,以满足计算方法至关重要的社区的需求。

传统的撰写文章的方法,即用口头描述算法,对于读者从头开始实现这些算法来说是完全不够的。

为此,在 2005 年,同样在美国国家医学图书馆的支持下,ITK 社区设计并实施了 The Insight Journal。这份诞生于数字时代的新期刊,一开始就抛弃了所有因纸质出版的限制而继承的局限性。摆脱了这些限制,我们就有可能采用进步的科学讨论实践,所有这些实践都围绕着实现已发表作品的有效可重复性的概念而构建。

特别是,The Insight Journal 提倡采用:

  • 仅在线出版
  • 开放同行评审(所有读者都可以发表评论)
  • 即时出版(论文在 24 小时内上线)
  • 发表后评审(论文先发表,然后公开评审)
  • 持续评审(评审过程永不结束,可以随时提交新的评审)
  • 可重复性要求(文章必须包含复制工作的所有要素,特别是:源代码、数据、参数和脚本)
  • 用于可重复性验证的虚拟环境(设置了服务器后端来配置、构建、运行和测试作为出版物一部分提交的软件;此过程使用 Xen 虚拟化平台自动化)
  • 文章的版本控制和修订(鼓励作者提交文章的更正和后续版本,加速自我纠正的周期,并为读者提供最优质的材料)
  • 读者作为评分者(读者被授权对文章以及审稿人发布的评论进行评分,从而创建了一个自我控制的制衡系统)

像往常一样,技术并不是创建和实施 The Insight Journal 的难点。相反,困难的是习惯于传统出版方式的社区的文化阻力,特别是科学和学术界使用的奖励系统所带来的惰性,当时,人们并不欣赏真正共享可重复材料的做法。

在拥抱和推广开放科学实践近十年后,The Insight Journal 拥有 2928 名注册用户、570 篇出版物和 805 条公开评论。文化阻力已开始消退,越来越多的社区成员现在开始认识到可重复性验证作为科学研究的基石的重要性。

这段旅程已将整个研究社区转变为一个更加开放和协作的社区,能够以更快、更稳健的步伐推进研究。 

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Luis Ibáñez 在芝加哥的 Google Inc 担任高级软件工程师。

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