教科学家如何分享代码

本课程教他们如何设置 GitHub 项目,在 Zenodo 中索引他们的项目,以及将 Git 集成到 RStudio 工作流程中。
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5 reasons professors should encourage students to get involved in open source projects

Opensource.com

如果得知世界上大多数学术研究成果并非由资助者或创造者所有,而是由私营公司所有,并被锁定在专有系统中,从而导致围绕共享、再利用和可重复性的问题,您会感到惊讶吗?

开放科学运动正在挑战这个系统,旨在让研究人员掌控、拥有和自由支配他们的工作。《开放科学 MOOC》(大规模开放在线社区)是一个使命驱动的项目,于 2018 年启动,旨在启动一场开放科学革命,并促进开源软件与开放科学之间建立更多伙伴关系。

开放科学 MOOC 是一个基于同行互助的实践社区,围绕知识和想法的共享、新技能的学习以及利用这些东西发展个人,以便研究社区能够成长为更广泛的开放文化转变的一部分。

课程

开放科学 MOOC 分为 10 个核心模块,从开放科学的原则到成为开放科学倡导者。

第一个模块,《开放研究软件和开源》,于 2018 年底发布。它包括三个主要任务,所有任务都旨在帮助使研究工作流程更高效、更开放以进行协作

1. 设置您的第一个 GitHub 项目

GitHub 是一个强大的项目管理工具,适用于编码人员和非编码人员。此任务教授如何围绕该平台创建一个社区,选择适当的许可证,并编写良好的文档(包括 README 文件、贡献指南和行为准则),以促进开放协作和友好的社区。

2. 在 Zenodo 中索引您的项目

Zenodo 是一个开放科学平台,可与 GitHub 无缝集成,以帮助项目更持久、可重用和可引用。此任务解释了 Zenodo 和 GitHub 之间的网络钩子如何使项目的新版本在进展过程中永久存档。这对于帮助研究人员获得其工作的 DOI 至关重要,以便他们可以因项目的各个方面获得充分的认可。由于引用仍然是“学术资本”的主要形式,因此这对研究人员至关重要。

3. 将 Git 集成到 RStudio 工作流程中

此任务旨在通过提高协作效率和可重复性来极大地提升研究能力。Git 可以在所有形式的基于文本的内容中实现版本控制,包括数据分析和撰写论文。每次在开发过程中保存工作时,Git 都会保存带时间戳的副本。这省去了在不小心删除文件或文本时尝试“回滚”项目的麻烦,并消除了可怕的文件命名约定。(例如,FINAL_Revised_2.2_supervisor_edits_ver1.7_scream.txt 看起来熟悉吗?)让 Git 与 RStudio 交互是痛苦的部分,但此任务逐步完成它,以减轻压力。

第三个任务还使学生能够通过提交拉取请求来直接与 MOOC 互动,以展示他们的技能。这也将他们的名字添加到开源冠军(又名“开源巫师”)的在线列表中。

MOOC 固有的互动式风格比听别人对着您说话更有价值,无论是在屏幕上还是屏幕外,就像许多传统的在线课程或教育项目一样。每个任务都由专家收集的知识支持,因此学生可以获得严谨的双重学习体验。

赋能研究人员

开放科学 MOOC 努力尽可能开放——这意味着我们言行一致。我们建立在自由和公平获取研究成果的坚实价值观基础上。我们将这种广泛采用最佳科学实践的途径视为研究过程的重要组成部分。

我们生产的一切都是公开开发和公开许可的,以实现最大的参与度、共享和再利用。开源工作流程支撑着我们的开发。所有这些都围绕 SlackGitHub 等渠道公开进行,并有助于使社区更具凝聚力。

如果我们能够将开源的价值观念灌输到现代研究中,这将使当前和未来的研究人员能够更多地思考围绕知识生产的基本自由。我们认为这是一个值得社区共同努力的目标。

开放科学 MOOC 结合了开放教育、开放科学和开源世界的最佳要素。如果您准备加入,请注册完整课程,当然,它是免费的。

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