为什么更多研究人员不使用开源?

学术研究人员将受益于放弃他们昂贵、缓慢且非特定的商业软件,转而使用开源版本。
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学术研究人员依赖各种高度专业化的软件来支持他们的研究。常用的商业软件选项价格昂贵;研究人员要么必须为数据分析工具等常用应用程序购买大量许可证,要么必须为专用软件(例如特定实验室设备的应用程序)购买昂贵的单许可证。

令人惊讶的是,如此少的的研究人员使用开源软件来代替昂贵的商业软件。开源软件不仅比商业选项节省成本——这笔钱可以再投资于研究——而且还为研究人员提供了根据自身特定需求开发软件的机会,然后与从事类似工作的其他人分享 。

假设您的研究小组发明了一项新技术或方法来推进您的领域,并在著名的期刊上发表了您的研究成果。为了为您的技术开发商业软件,软件公司中的某人必须阅读您的论文,启动开发过程,并将软件推向市场成熟。根据项目的复杂程度,这可能需要数年时间。

如果您在开发新技术的同时开发 软件,您可以大大缩短流程。因为您不必等待 商业软件上市,所以您可以在研究发表后立即(甚至在某些情况下之前)开始广泛使用您的创新。而且,一旦有了关于有多少人正在使用您的开源软件的数据,商业软件供应商就可以确定这是否对他们来说是一个可行的市场,然后查看您的源代码以了解开发他们自己版本的需求。

这是一个更具体的例子。表面化学家使用悬滴张力计来确定流体的表面张力(这就是水聚集成滴,昆虫可以在水面行走的原因)。对于研究和工业应用,了解特定流体的表面张力非常重要,因为它会影响乳液、泡沫等的形成能力。许多悬滴张力计供应商还提供商业软件,用于分析液滴的形状以确定表面张力。我们的研究小组开发了一个名为 OpenCapsule 的开源软件,它不仅执行相同类型的分析,还确定液滴膜涂层的弹性特性,这在以前是不可能的。OpenCapsule 为研究人员提供了一个新的、免费的、GPL 许可的软件工具来表征弹性纳米材料。我们希望新的贡献者将帮助我们优化 OpenCapsule 并进一步推进该项目。

开源为研究人员提供了许多优势,包括即用型、尖端技术;节省成本;以及更快的开发速度。没有哪个商业供应商能像您自己一样了解您的需求,那么为什么不利用您自己的研究,通过开发您自己的开源软件来摆脱对软件供应商的依赖呢?

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Jonas Hegemann 是一位来自德国的物理学家。2018 年 2 月,他完成了关于理论生物物理学的博士论文,包括细胞生物学计算机模拟和弹性材料的视频分析。

8 条评论

很棒的文章,Jonas。我同意开源软件是可重复性的重要组成部分。根据我在美国大学工作的经验,一般原因是商业供应商以大幅折扣提供软件,以吸引研究生。学生毕业后找到工作,将需要购买全价许可证。

谢谢你的评论,Ben。

我认为您提出的可重复性问题非常重要。通常,很难重现出版物的研究结果,因为相应的代码没有与论文一起发布。如果发布更多与研究相关的代码,事情将变得更加容易和高效。这也关系到应用领域有限的代码。

作为一名学生,我免费获得了多个 Microsoft 产品的许可证,所以您描述的折扣现象在德国也存在。但是,我使用它们越多,就越意识到 Linux 是更好的选择。大学可能有责任平等地提示开源替代方案。

回复 作者 bcotton

我认为一个很大的原因是,大多数科学研究人员不是程序员,也不想成为程序员。就像大多数化学家不会自己吹制玻璃器皿,或者大多数生物学家不会自己制造显微镜一样。虽然编写软件可能比制造自己的实验室设备需要的工具更少,但不清楚它是否需要更少的技能。即使已经有编写好的开源替代方案,它们也可能更难找到。如果您编写了可能在其他实验室有用的软件,我建议您考虑如何宣传它。根据您的领域,您可能可以在您出于其他原因参加的会议的海报展示会上做一个海报。

许多研究人员继续在开发软件的公司工作。开发软件取决于拥有了解科学的人,而不是能够开发软件。各种期刊和资助机构已经要求提供源代码,这需要成为强制性的,并成为进一步资助的要求。

很棒的文章。同样的原因,我觉得研究应该使用开源软件。我发现许多研究人员不知道可用的开源软件。他们跟随其他研究人员使用的软件,而不去思考。

作者可能是在为他自己的实验室或环境说话。作为相关领域(生物信息学)多年的学者,我可以说,全球范围内的生物信息学研究几乎完全使用开源软件工具完成。具体来说,我会提到 Linux、Python、Perl、R(以及在这个生态系统上开发的许多开源软件包),但列表不止于此。

这是一篇相当不了解情况的文章。或者更确切地说,是观点。

我不是在谈论我自己的团队,因为我们长期以来几乎完全在开源上运行,只有少数例外,例如 wolfram mathematica。但我也认识许多完全在商业产品上运行的团队,例如 origin、comsol multiphysics 或类似的软件包。正如您正确指出的那样,开源实际上在学术领域已经广泛传播,但仍然有很多地方应该更密集地使用它!

回复 作者 NoBull1 (未验证)

我猜我认识的一位教授使用商业 Matlab 只是因为她先学会了它,并且想专注于撰写论文而不是学习新软件。我还遇到一位大学讲师或研究员说,他使用 SPSS 而不是 R,因为如果出现错误或程序需要一些新属性,则必须有商业支持才能实现该属性。

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