开放源代码软件期刊 (JOSS) 的主要目标是为那些开发、贡献和维护开源软件的研究人员提供一种手段，以便在当今的研究生态系统中为他们的工作获得可引用的荣誉。简而言之，JOSS 是一个开发者友好的期刊，用于发表研究软件包。它也是一个在线学术期刊 (ISSN 2475-9066)，具有正式的同行评审流程，旨在通过确保提交的软件符合最低标准，并包含数字网络内容标准标识符 (数字对象标识符，或 DOI) 用于所有被接受的论文，从而提高软件的质量。
在一个完美的世界中，我们希望看到荣誉直接授予软件，但在当今的研究世界中，对论文和其他产品的引用是跟踪研究工作的影响和使用的标准方法。（当然，引用存在问题；这只是一个实际的选择。）我们认识到，对于大多数研究人员来说，论文而不是软件才是学术研究的通行货币，而引用是获得良好职业生涯的必要条件。在学术和政府研究中，论文的引用是招聘和晋升决策中考虑的两个主要因素之一，另一个是获得研究资金。我们创建 JOSS 的目的是让软件开发者能够像传统作者一样获得同样的荣誉，方法是让开发者能够轻松地将他们的软件转化为可引用的论文。
在您完成了编写出色软件的艰苦工作之后，撰写一篇关于您工作的论文不应该花费数周或数月的时间。事实上，正如我们在 关于页面 上所说的那样，如果您的软件文档已经完善，那么论文准备工作应该不超过一个小时。
这包括一个简单的提交工作流程和广泛的文档，以帮助您准备提交材料，这会在我们的 GitHub 存储库 中创建一个问题。论文本身是一个简短的 markdown 文件，应包含
- 一份摘要，为不同的非专业受众描述软件的高级功能和用途
- 一份清晰的需求声明，说明软件的用途
- 一份关键参考文献列表，包括软件存档的链接
- 提及（如果适用）任何正在使用该软件的研究项目或最近由其支持的学术出版物
在此之后，就轮到我们了。一位主编和 18 位主题编辑组成了我们的编辑委员会。主编会做一个简短的扫描，以确保论文看起来适合 JOSS（它是关于一个可能在研究生态系统中被使用和引用的软件包吗？），然后一位编辑负责其余的评审过程。编辑找到一位或多位同意评审论文的审稿人，创建一个新的 GitHub 问题用于评审本身，并关闭预审问题。
一个机器人（名为 Whedon）监控 JOSS 问题，并根据编辑的关键词采取行动，执行流程的许多核心机械部分，例如分配审稿人和编辑、创建评审问题以及在接受后编译 PDF。
评审问题包含一份包含 18 个项目的清单，供审稿人完成，包括同意 JOSS 关于利益冲突和行为准则的政策；对源代码可用性、使用 OSI 批准的许可证、论文中的软件版本与存储库中的版本是否匹配以及确认提交者是软件作者的一般检查；检查功能，包括安装和性能声明（如果适用）；检查文档，其中应包括软件的需求声明、安装说明、示例用法以及功能文档、测试和社区指南；最后，检查软件论文本身，包括确保作者列表合理、论文中包含需求声明以及存在充分且结构良好的参考文献。
由于这是通过 GitHub 问题完成的，当审稿人发现问题时，他们可以在评审问题中评论，或者在被评审提交的存储库中为特定问题打开一个新问题。文章提交者然后可以与审稿人互动，提出问题、进行更改等，直到审稿人满意为止，由指定的 JOSS 编辑主持。JOSS 的目标不是拒绝一定比例的论文（尽管当作者决定撤回而不是根据审稿人的反馈修改提交材料时，确实会发生一些拒绝），而是改进提交材料，直到它们可以接受为止。这通常需要几周时间，但如果每个人都非常积极响应，则已知可以在一天内完成。然而，在某些情况下，特别是对于较大的项目，评审过程可能需要更长的时间，尤其是在文档不清楚或需要添加功能时。
一旦审稿人和编辑对论文感到满意，提交作者将源代码存储库的副本存放在存档数据存储库中，例如 Zenodo 或 figshare。然后，将指向此软件存档的永久链接添加到论文中，论文从 markdown 转换为 PDF，并将文章元数据存放在 Crossref 中。评审问题被关闭，JOSS 网站使用最终版本的 JOSS 论文 (PDF) 进行更新，包括 Crossref 发布的 DOI。与正在评审的论文一样，最终文章和元数据也在 公共存储库 以及 JOSS 网站 中进行版本控制。
现在，作者拥有了一篇带有软件 DOI 的论文，可以将此信息添加到他们的存储库中，无论是 README 文件还是 CITATION 文件，告诉用户如何以一种自然融入当今研究生态系统的方式引用该软件。当用户引用该软件时，作者将能够看到这一点并获得软件的荣誉，就像他们撰写了一篇研究文章一样。
在其最初的 19 个月（2016 年 5 月 11 日 - 2017 年 12 月 10 日）中，JOSS 接受了 187 篇论文。您可以在 arXiv 预印本 中阅读更多关于 JOSS 及其状态的信息。
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