路易斯·伊巴涅斯

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伊利诺伊州,芝加哥

路易斯·伊巴涅斯在谷歌公司芝加哥分部担任高级软件工程师。本网站表达的观点仅代表他个人。您可以在 github 上找到他: http://www.github.com/luisibanezand,在 Twitter 上:http://www.twitter.com/luisibanezHe。他曾任职于 Kitware Inc. 担任技术主管,并在开源 EHR 代理 (OSEHRA) 担任开源社区发展总监。在 Kitware,他密切参与了医疗影像应用开源软件的开发,特别是与 Insight Toolkit (ITK) 的合作。路易斯是开放获取的坚定支持者,也是 Insight Journal 的编辑之一,Insight Journal 是一份强制验证可重复性的 OA 期刊。在与其他讲师的合作下,路易斯在 2007 年至 2013 年期间在伦斯勒理工学院 (RPI) 教授开源软件实践课程,并在 2011 年至 2014 年期间在纽约州立大学奥尔巴尼分校教授该课程。路易斯·伊巴涅斯于 1989 年在哥伦比亚桑坦德工业大学 (布卡拉曼加) 获得物理学学士学位,并于 1994 年在同一所大学获得光学硕士学位。他分别于 1995 年和 2000 年在雷恩第一大学 (法国雷恩) 获得 D.E.A 和博士学位。1999 年,路易斯·伊巴涅斯加入了北卡罗来纳大学教堂山分校的神经外科部门,并作为 MIDAG 和 CADDLab 小组成员参与工作。他在 UNC 的工作与应用于图像引导手术的 2D 和 3D 配准算法的开发有关。他还作为美国国家医学图书馆资助的 INSIGHT 配准和分割工具包的开发人员参与其中。路易斯·伊巴涅斯于 2002 年 2 月加入 Kitware 公司,在那里他是 Insight Toolkit (ITK) 的主要开发人员之一,与其他开发人员和用户社区协调其维护工作;他也是图像引导手术工具包 (IGSTK) 的主要开发人员之一,并参与制定了 Insight Journal 的操作原则。路易斯·伊巴涅斯是开放获取和科学出版物中可重复性验证的坚定支持者,并且是 ITK 培训课程和传播开源原则的活动中的常客。2014 年 8 月,路易斯加入谷歌公司担任软件工程师,在纽约市的公司工程团队工作。

作者评论

虽然有点晚了...
让我详细说明一下

<strong>最初的想法:</strong>
科学方法要求您的假设必须在实验中进行检验;为了使这些实验受到重视,它们必须能够被其他人重复。

* http://en.wikipedia.org/wiki/Falsifiability
* http://en.wikipedia.org/wiki/Reproducibility

这就是伽利略帮助我们摆脱亚里士多德引入的三千年误解的方式。

希腊思想家的罪过

他们大多只是“思考”...

并且由于他们生活在一个基于奴隶制的社会中,他们鄙视运行物理实验所需的手工和机械工作。

亚里士多德的思想家构建了具有逻辑一致性的精神结构。例如,行星的轨道“必须”是圆形的,因为圆形具有大量优雅的几何(和哲学)特征。无需测量轨道,那将是“奴隶”的工作……对于如此高价值的哲学家来说是不光彩的。直到开普勒测量了轨道,才意识到椭圆是对行星轨迹更好的描述。

亚里士多德的哲学家傲慢地认为,他们的“专家判断”足以确定真理,而实验验证是“不必要的干扰”。

伽利略是一位更加务实的人,他证明了那些小实验实际上产生了很大的影响,并且它们表明亚里士多德在物理学(力、加速度、重力、光学、天气……)方面犯了很多错误。亚里士多德在自然科学和生物学方面也犯了很多错误,例如,他认为视觉是通过从我们的眼睛发出光线来工作的,他甚至弄错了女性牙齿的数量(显然,他从不费心去观察和计数)。

伽利略通过明确哲学先入之见只有在<strong>有实验支持的情况下</strong>才值得重视,从而创立了现代科学方法。

<strong>快进到今天。</strong>
“科学方法要求您的假设必须在实验中进行检验;为了使这些实验受到重视,必须能够被<strong>其他人</strong>重复。”

由于科学的专业化,我们倾向于假设“其他人”必须是那些发布原始实验的人的同行。例如,如果这是一个量子物理学实验,那么其他量子物理学家可能是最有资格正确重复实验的人。这就是“同行”的来源。

因此,今天的期刊和会议会将您的论文发送给您的专家“同行”进行审查。

在伽利略的世界中,您的同行将<strong>礼貌地</strong>遵循您论文中的说明,以便<strong>重复</strong>您的实验,并且他们将报告是否对他们有效。

然而,
在今天的“同行评审”中,您的同行将<strong>跳过</strong>“重复实验”的这个小细节,而是用他们的“专家判断”来取代它,告诉他们

<em>“是的,这与我知道的或我所看到的相符……特别是与我以前的工作相符”。</em>

在这种危险的转变中,您的同行将我们送回了<strong>三千年</strong>前的科学前时代。

今天的“同行评审”过程<strong>并不能</strong>强制执行可重复性的验证。因此,它只提供了科学的<strong>表象</strong>,而不是交付真正的成果。

我们当前的专家评审员往往是<strong>实验室负责人</strong>,和/或科学领域中高度可见的成员,他们鄙视验证论文声明所需的实验工作。他们认为手工工作是“研究生的工作”,因此对于像他们这样的“领域专家”来说是不光彩的。就像希腊哲学家鄙视实验工作,认为这只是奴隶应该做的事情一样。

我们今天的同行评审员认为

<em>“我是专家,无需再次运行该实验,我已经可以知道结果是什么了”</em>

(我在这里字面上引用了某人,他的名字必须保持匿名)

我们当前的同行评审过程将我们带回到开尔文勋爵的傲慢<cite>http://en.wikipedia.org/wiki/Lord_Kelvin</cite>,皇家学会的<strong>主席</strong>,他在 1902 年宣称

<em>“无论是气球还是飞机,都不会在实践中取得成功。”</em>

http://zapatopi.net/kelvin/papers/interview_aeronautics_and_wireless.html

<strong>一年</strong>后,拥有一家自行车修理店的莱特兄弟(他们不是任何大学的高级科学家)在北卡罗来纳州沙滩上飞行了一架飞机。

http://www.firstflight.org/shrine/wright_brothers.php

我们现在应该认识到,“专家意见”在科学中<strong>一文不值</strong>。

<strong>只有实验才能被信任</strong>,并且只有当它被<strong>其他人重复</strong>时。

我们必须开始要求“可重复”的出版物,而不是参考“同行评审”的出版物。

字面意思是:实验已被他人重复的出版物。

这就是为什么当前的同行评审系统必须被拆除。它的虚伪必须被揭露,并且必须立即被基于<strong>实验可重复性</strong>的系统所取代。

这是可以做到的!

例如,六年来,我们一直主办着一个开放获取、免费提供的医学图像分析期刊

http://www.insight-journal.org

这是一个面向伽利略实践者的<strong>“真正的科学”</strong>期刊。这种人只有在重复实验后才会相信某件事。

当向该期刊投稿时,您需要提供

<ul>
<li>您的源代码(在开源许可下)
<li>您的数据(在开放数据许可下)
<li>以及重复实验所需的参数。
</ul>

我们必须重新教育整整一代科学工作者,以恢复<strong>真正的科学方法</strong>的实践。

开放科学(顺便说一句,应该简称为“真正的科学”)的两个主要障碍是

1) 当前的科学出版系统
2) 终身教职制度

关于 (1),出版系统已成为目标而不是手段。科学家现在为出版系统工作,并将论文视为他们研究的实际最终产品。

科学出版系统应该被拆除。就其目前的形式而言,它是工业革命时期信息传播方法的残余。(参见 Yochai Benkler http://www.ted.com/talks/yochai_benkler_on_the_new_open_source_economics.html)。它必须被一个利用现代电子通信并强制验证可重复性的系统所取代。

当前的同行评审系统也必须废除,因为它目前没有做任何事情来验证可重复性,并且它主要基于一组专家提供的主观意见,类似于伽利略引入科学方法之前的亚里士多德时代的自然科学。(参见卡尔·波普尔:《科学发现的逻辑》:http://books.google.com/books?id=Yq6xeupNStMC&dq=karl%20popper&source=gbs_slider_thumb)

关于 (2):终身教职制度将研究人员锁定在“生产”论文上,作为科学研究的唯一可衡量结果,并将该指标直接与其职业发展联系起来(参见 http://highereducationquestionmark.com/)。这导致了一种讽刺的局面,即研究人员更感兴趣的是发表论文而不是解决问题,因此,挪用他们的数据优先于分享他们的数据。

为研究提供公共资金的机构必须要求研究人员尽快提供他们获得/开发的数据、论文和源代码,并使用允许其他人无限制使用这些材料的许可。一些美国联邦机构已经有这些要求(例如 NIH),但没有充分执行,研究人员没有认真对待。

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