2012 年 11 月下旬,开源疟疾 (OSM) 团队迎来了一位新成员,他居住和工作地点距离悉尼大学的合成化学中心近 1700 公里。当然,跨洲合作对于科学家来说并不罕见,但直到最近,在不到 140 个字符内招募人员肯定是罕见的。
Patrick Thompson 刚在爱丁堡大学提交了他的博士论文,他回应了 Twitter 上关于为团队的一个重要新靶点提供合成帮助的请求。正如他承诺的那样,Patrick 后来交付了几种化合物,用于在苏格兰邓迪进行生物测试。尽管事实证明 Patrick 制造的分子在杀死疟原虫方面效果不佳,但这些“阴性”结果为团队提供了宝贵的数据。
Patrick 的贡献在常规药物发现项目中是不可能实现的。由于保密和通常因专利和知识产权问题而变得复杂,化学家并不总是最擅长分享他们的结果,至少在他们发表在同行评审期刊上之前不是这样——有时甚至在经过大量的精挑细选之后。这意味着大量数据,尤其是“阴性”数据,通常只存在于成堆的布满灰尘的纸质实验室笔记本中,对直接科学界以外的所有人都是隐藏的。
避免大量数据丢失只是 OSM 团队成立的原因之一。开源药物发现项目于 2011 年启动,当时 Matthew Todd 的实验室获得了 疟疾药物创制联盟 (MMV) 以及后来的澳大利亚研究委员会的联动资助。领先的制药公司葛兰素史克 (GSK) 刚刚发表了一篇革命性的论文,其中包含潜在的抗疟药物,并将信息置于公共领域。这种开放的 GSK 数据是 OSM 项目的最初推动力,并促使团队合成和评估了三个不同的系列化合物。
开放科学定律
OSM 项目的运作方式与传统的药物化学项目非常相似,即团队正在寻找适合 1 期临床试验的抗疟药物候选物。然而,该项目的日常运作方式却大相径庭,并且可能最清楚地体现在团队对开放科学六定律的承诺中
- 第一定律:所有数据都是开放的,所有想法都是共享的
- 第二定律:任何人都可以参与任何级别
- 第三定律:不会有专利
- 第四定律:建议是最好的批评形式
- 第五定律:公开讨论比私人电子邮件更有价值
- 第六定律:开放项目比任何给定的实验室都更大,并且不归其所有
该团队使用在线电子实验室笔记本 (ELN) 记录所有实验程序和数据。这意味着任何可以访问互联网的人都可以搜索项目的信息。所有数据、结果和结论都是实时发布的——即使事情没有完全按计划进行!当团队处理原始数据并将其上传到 ELN 时,其他科学家可以自由地比较他们自己的数据或得出与 OSM 团队不同的结论,并在每个 ELN 条目下方的评论部分提供反馈。这意味着人们实际上可以使用 OSM 团队生成的数据,无论出于何种目的。该项目的透明性质还意味着应该减少出错的空间,并且结果可以很容易地在其他实验室中重现。
该团队坚决反对专利,这意味着如果他们发现优秀的候选药物,他们可能需要驾驭浑水。几十年来,专利一直是将新药推向市场所需流程的重要组成部分,但 OSM 团队希望改变这种模式。
“越来越多的人质疑我们是否需要专利来开发某些药物。青霉素和小儿麻痹症疫苗不需要专利。也许治疗疟疾的新药也不需要,”Matthew Todd 说。
疟疾是一种灾难性的疾病,主要影响世界上最贫困的人口,因此它是开源药物发现工作的理想起点。治疗疟疾的新药必须价格合理,最好是单剂量给药。试图从那些急需救命药物的人身上获利在道德上是应受谴责的,因此该团队认为现在是时候将专利抛出窗外,鼓励科学家们共同公开合作,以便尽快治愈疟疾。
公开协调
该团队使用 G+、Twitter 和 Facebook 作为社交媒体平台,用于讨论结果、推广科学,以及(如 Patrick 和团队其他一些关键成员的情况)招募新成员。GitHub 已被证明是项目组织和讨论的宝贵工具。该团队尽可能避免使用电子邮件,以便促进公开讨论并收集来自各种专家的意见。
核心团队成员和志愿者都会定期更新和维护 项目维基,供 OSM、更广泛的科学界以及当然还有感兴趣的公众成员使用。这只是该项目的一个领域,非专业人士也能够做出贡献,并让化学家腾出时间,以便他们可以将更多时间花在工作台上制造化合物。
取得成功
开放科学和 OSM 的另一个伟大的成功案例是与 40 名 劳伦斯大学 本科生的一个小组建立的合作。悉尼的团队开发了一种稳健的方法,用于合成特定的化合物系列,Stefan Debbert 的 实验室课程 使用不同组合的相关起始材料进行了后续研究。该班级制造了许多新分子,学习了如何证明其产品的结构和纯度,并在整个过程中获得了乐趣。他们评估了这些分子对疟原虫的活性,并将所有实验数据发布到项目的 ELN。
开源科学与最初的开源运动之间存在明显的差异,但科学家肯定可以从软件社区中学到很多东西。开放科学消除了传统的研究等级制度,并鼓励所有级别的科学家——学生或教授——参与和贡献。合成化学家需要的不仅仅是一台计算机和访问网络的权限,当然,并非每个人都能访问实验室和制造分子所需的技能。然而,OSM 团队正在努力降低参与门槛,同时仍然进行最高标准的科学研究。在开放科学被称为“科学”之前,加速发现疟疾的治疗方法并鼓励其他人更开放地工作是 OSM 等倡议的真正成功衡量标准。
有关该项目、加入团队或其他开放事宜的更多信息,请在 Twitter 上发推文 @O_S_M,在 GitHub 上找到该团队,或者,如果所有其他方法都失败了,请发送电子邮件至 opensourcemalaria@gmail.com。始终首选公开交流!
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