当最高法院就 Bilski 案作出裁决时，它并没有直接谈及软件专利问题。但 Bilski 多数意见强调，抽象概念不可授予专利，并承认允许抽象概念获得专利可能会阻碍创新。因此，对于在何种情况下（如果有的话）应该授予软件专利的法律标准，仍然有讨论的空间。
专利商标局 (PTO) 处于这一问题的前沿，因为它有责任决定是否批准专利申请。无论它对 Bilski 案采取何种解释，其决定都将影响专利格局。因此，很高兴看到今年夏天 PTO 邀请公众对其拟议的 Bilski 案解释提出意见。
红帽公司一直参与这个问题，之前曾 向最高法院提交了关于 Bilski 案的非当事人意见陈述。本周早些时候，红帽公司回应了 PTO 的请求，并提交了对 Bilski 案的理解，这将减轻劣质软件专利造成的一些损害。以下是红帽公司发送给 PTO 的主要信息内容
如今，有数十万项与软件相关的专利，每年仍有数万项专利获得批准。在许多情况下，这些专利的边界模糊不清。因此，实际上不可能确定新的软件产品是否会被视为侵犯现有专利。这意味着，推出任何创新软件产品都存在因模糊专利而提起诉讼的风险。此类诉讼通常需要花费数百万美元来辩护，并面临实际损害赔偿、三倍损害赔偿和禁令的风险。模糊的软件专利远非鼓励创新，而是阻碍创新。模糊性问题在软件专利中非常普遍，因此有必要在主题事项资格的门槛层面采取行动。
鉴于这一严重问题，红帽公司认为，应修订《临时指南》，以承认软件专利通常不符合美国法典第 35 编第 101 条根据 Bilski 案和先前最高法院案例的解释的要求。软件本质上只不过是一组以特定编程语言或机器语言表达的数学算法。正如 Bilski 法院所承认的那样，数学算法本身是不可授予专利的抽象概念。
正如最高法院在 Diehr 案中发现并在 Bilski 案中重申的那样，数学公式的应用（而不是公式本身）可能有权获得专利保护。然而，这并不意味着仅仅在通用计算机上存储或运行软件就足以证明为原本不可专利的算法授予专利是合理的。这从最高法院的 Benson 判决中可以清楚地看出，该判决驳回了一项可在通用计算机编程中使用的数学算法，认为其是不可授予专利的抽象概念。因此，《临时指南》中“某些结构（例如机器……）的引述在大多数情况下会将权利要求限制为此类应用”的说法过于宽泛，容易引起误解。
Bilski 法院强烈重申，抽象概念（包括数学算法）是不可授予专利的。在适用 Bilski 案时，专利商标局应认识到这一原则对软件专利的适用性。这一做法既符合最高法院的教导，也符合鼓励创新的核心专利目标。
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