自由和开源软件（“FOSS”）的用户从专利制度中几乎得不到什么好处，却有很多担忧。专利制度对用户构成两大威胁：首先，软件本身可能会因“软件专利”而受到阻碍甚至完全消失，即对计算机程序中使用的基本技术或程序的常用功能的权利主张。其次，使用计算机执行传统上以其他方式执行的基本业务功能，可能会因计算机支持的“商业方法”专利而被垄断。
在 1990 年之前，软件的功能和计算机在“商业方法”中的使用在世界任何地方都不能获得专利。但是，在美国设立了一个专门的专利法庭，其所有法官都是专利律师，这改变了美国专利法的格局。世界其他地区也感受到了震动。美国最高法院在 1981 年的一个著名案例中裁定，用于控制橡胶硫化工业过程的计算机程序本身不能获得专利，因为自然事实、数学公式和算法不在专利保护的范围之内。然而，在 1982 年之后，最高法院基本上将专利法留给了新成立的联邦巡回上诉法院（“CAFC”），很快 CAFC 完全改变了规则，同时假装一切都没有改变。
CAFC 在 1998 年的 State Street Bank v. Signature Financial Group 案中的判决，扩大了专利的范围，包括算法、公式或计算的任何“实际应用”，只要这些应用能产生“有用、具体和有形的结果”。这使得专利进入了既不需要也不受欢迎的领域。例如，这些领域包括金融策略、拍卖技术、会计、管理、培训和指导。
许多其他法律判决放宽了软件专利的“可实施性”要求。根据美国专利法，申请人需要提供详细的说明，解释发明如何工作，这就是“最佳模式”要求。对于软件专利和商业方法，法院似乎已经基本上取消了这一要求。专利法总体上得到了加强，法院更愿意向专利权人授予禁令并判处巨额赔偿，提高挑战专利的标准等等，这使得大型公司更容易且更具成本效益地获得专利。
这些变化对软件行业产生了深远的影响，该行业在没有专利的情况下，其增长和创新是毋庸置疑的。在过去的二十年中，专利数量增长如此之快，以至于现在每一种新产品都必须在不可预测的法律环境中，穿过潜在责任的雷区。到 2004 年，在美国已经颁发了大约 145,000 项专利，涵盖了 22 个类别的“计算机实现发明”专利。专利权人收取许可费或“交叉许可”，从而获得使用他人专利的权利，并在这一过程中击垮了潜在的竞争对手。
这一时期也见证了 FOSS 的崛起，它对垄断性的专有软件公司构成了威胁。FOSS 中计算机程序源代码必须共享的规则，以及为程序源代码中体现的思想自由交流创建的“受保护的公共领域”，消除了对专利的需求。根据 GNU 通用公共许可证（“GPL”）和类似许可证的“Copyleft”共享，帮助企业增加了对合作生产的投资水平，并交流思想，确信这些投资不会被其他声称拥有专有权的人侵占。
但是，一些公司专门从事收购专利，仅仅是为了许可或起诉拒绝支付许可费的当事方，这些公司被称为“专利流氓”，也大量涌现。他们强加了 FOSS 项目无法负担的许可费，这些许可条款与 FOSS 许可证存在不可接受的冲突。他们利用一些公司愿意为有效性存疑的专利索赔支付许可费，以避免高昂的专利诉讼费用。
通常，这些流氓更喜欢咬那些财力雄厚的企业，而不是小型 FOSS 分销商，更不用说非营利性的程序员社区了。专有软件巨头向客户收取高价，实际上是预先收取他们可能需要支付给流氓的任何专利费。因此，专利租金包含在专有产品的成本中：微软和类似公司可能会因利润减少而感到刺痛，但他们的用户已经被预先刺痛了。此外，交叉许可对他们来说效果很好，因为他们拥有或可以建立专利组合，从而无需花钱就能购买他人的索赔。但是，同样的方法不适用于 FOSS 社区，这些社区通常不寻求专利；因此，他们的用户最终可能成为战争中的受害者。
一些大型专利持有者已经向 FOSS 用户和开发者提供了免版税的专利许可、专利承诺或保证。但是，这些承诺只能防止那些本来就没有恶意，并且为了自己和客户的利益而从 FOSS 生产系统中获利的当事方的侵略。在过去的几年里，商业 FOSS 分销商反复遭受可疑的专利诉讼和诉讼威胁，这些诉讼和威胁主要是为了制造恐惧、不确定性和怀疑，从而有利于专有竞争，或为非执业实体榨取许可费。
现在，美国最高法院准备改变局面，制止这个失控的系统。《Bilski v. Kappos》案于 2009 年 11 月初进行辩论，至少对商业方法专利制度提出了质疑。1997 年，Bilski 申请了一项对能源商品交易中的风险进行对冲的方法的专利，这种方法交易员每天都在做，而且已经做了无数次。美国专利商标局（“PTO”）驳回了该申请，CAFC 也表示同意，认为只有当专利权利要求包括“专用机器”或“物质转换”时，才能为流程（包括软件）颁发专利，而 Bilski 申请中都不存在这两者。
“机器或转换”测试是否正确地确定了什么可以获得专利，这对广泛的美国企业具有影响，促使软件、保险、生命科学和新闻媒体等不同领域的公司提交“法庭之友”意见书，试图促成某种结果。大多数同意 PTO 决定的当事方认为，法院应重申其长期以来的立场，即可获得专利的主题不包括自然规律、抽象概念或数学算法。
计算机程序，无论其功能如何，都不过是算法的表示。从概念上讲，它与用铅笔和纸写下来供人执行的步骤列表没有什么不同。所有人都同意，纯粹的“脑力步骤”是不可专利的。那些认为独立软件可以获得专利的人，因此必须解释一种没有区别的区别。
在最高法院之外，没有人知道听取此案的大法官将如何裁决。口头辩论的记录给人的印象是，有问题的特定专利申请在最高法院没有支持者。法院是否会像软件自由法律中心敦促的那样，广泛地认为独立软件永远不应获得专利，还是会得出更狭隘的结论，确认拒绝有问题的单一专利的决定，或者介于两者之间的其他结论，仍有待观察。
但是，无论发生什么，除非完全禁止软件和商业方法专利，否则使用计算机的企业（即 21 世纪的所有企业）将面临法律上的不确定性，并可能受到国家授予的垄断受益者的干扰。
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