获得高质量的人体生物样本，如血液、唾液、血浆、DNA 和 RNA，对于更好地了解疾病以及推进分子技术、临床试验研究、个性化医疗研究和临床实践至关重要。
生物样本库通过收集、处理、存储和跟踪各种生物样本，在此过程中发挥着关键作用。然而，如果没有高质量的、基于标准的临床和病理注释，这些样本就毫无用处。收集的注释类型和范围因生物样本库而异，具体取决于研究重点、疾病和地理位置。
什么是 OpenSpecimen？
OpenSpecimen 是一个开源生物样本库信息平台，允许用户输入和检索有关生物样本的收集、存储、质量保证和分发的数据。其最重要的功能是能够收集特定于疾病或一组研究需求的高质量、基于标准的数据。
OpenSpecimen，以前称为 caTissue，最初是在美国国家癌症研究所 caBIG 计划的资助下开发的。当 caBIG 计划于 2011 年关闭时，Krishagni Solutions 继续开发和支持 caTissue，同时保持产品的开源性质。2014 年，Krishagni 将产品更名为 OpenSpecimen，以表明该产品可以支持任何疾病（即不仅限于癌症）和任何样本类型（即不仅限于组织）。更名过程包括从候选名称池中进行社区投票。
在技术方面，OpenSpecimen v2.0 利用了最新的 Web 技术。用户界面使用超棒的 Angular JS、响应式 Bootstrap、HTML5 和 CSS3 开发。内核在 Java Spring 和 REST API 中实现。新的代码库将使用 Sprint 测试框架、JUnit、DBUnits 进行内核以及 Jasmine，以及 Protractor 和 Grunt 进行 Web UI 测试，实现接近 100% 的代码覆盖率。
OpenSpecimen 社区发展
当国家癌症研究所资助 caTissue 的开发时，它也管理社区、维护代码、文档和论坛。当资金被撤回并且 Krishagni 接管时，社区中出现了相当大的不确定性和动荡。
一些采用者失去了信心并转向其他选择，而另一些人则不确定该项目的未来。重建信任和信心并非易事，尤其是一家总部位于印度的小型软件公司。
随着 Krishagni 开始对产品的性能、可用性、新功能和错误修复做出重大贡献，caTissue 的采用者开始看到升级到新版本“caTissue Plus”的价值。正是在这个时候，重要的社区贡献开始流入开发。华盛顿大学、新南威尔士大学、莱斯特大学和新加坡中央医院的生物样本库资助了可用性和性能增强，以及新功能。
尽管如此，大多数社区贡献仍然以功能请求、报告错误、输入、测试和产品推广的形式出现。遗留代码质量使得外部人员难以轻松理解和修改代码。随着 OpenSpecimen v2.0 的推出，这种情况将在不久的将来发生巨大变化，它将具有显着更高的代码质量，并使用最新的 Web 技术和设计范例。
2014 年 12 月，首次年度社区会议，OSCon2014，在密苏里州圣路易斯华盛顿大学举行。来自美国、英国、新加坡、埃及、印度和加拿大的 20 个中心的 40 多名生物样本库专家参加了会议。与会者讨论了几个感兴趣的主题，例如发布计划、痛点、愿望清单和治理。这将成为年度活动。
OpenSpecimen 市场
Krishagni 希望让采用者和其他供应商可以轻松扩展 OpenSpecimen。每个生物样本库都有自己的工作流程和数据收集需求，我们理解一种尺寸并不适合所有人。虽然开源让您可以访问源代码并灵活地更改它，但它也带来了一些风险。本地定制的最大风险是您会疏远主流产品——升级到较新版本变得昂贵、耗时且容易出错。
为了解决这个问题，OpenSpecimen v2.0 遵循平台方法。例如，为 iOS 和 Android 平台开发了数百个新应用程序，而无需对 iOS 或 Android 进行任何更改。使用 OpenSpecimen 平台，采用者可以开发“扩展”来紧密模仿本地工作流程。这将实现快速数据输入并提高用户友好性。这样开发的扩展不仅可以防止升级，而且开发人员还可以与社区共享它们，甚至可以通过它们获利。到 2015 年底，Krishagni 将托管一个此类扩展的在线市场。
OpenSpecimen 的全球采用
如今，OpenSpecimen 已在十个不同国家的 25 多个生物样本库中使用。Krishagni 也在致力于 OpenSpecimen 的国际化，从中文和西班牙语版本开始。我们的采用者通过 OpenSpecimen 的 Transifex 项目提供翻译作为其社区贡献的一部分。
在 2014 年年度社区会议上，来自全球的生物样本库专家承认 OpenSpecimen 满足了生物样本库行业的关键需求。作为 Krishagni 的创始人以及 2004 年加入该项目的首批开发人员之一，我坚信 OpenSpecimen 的下一代架构将彻底改变生物样本库信息学。随着采用率的提高，Krishagni 希望建立一个更大、更充满活力和全球化的采用者社区（学术和私人生物样本库）、分销商、集成商和商业 IT 供应商，以开发强大的支持生态系统。路线图包括开发 OpenSpecimen 的变体以满足不同类型生物样本库的需求、原生移动应用程序和新功能。
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