开源癌症研究

尚无读者喜欢此文。
words logical and radical

Opensource.com

在治疗、治愈和预防癌症方面,现代医学在很大程度上已经失败。 你可能会争辩说,癌症太复杂了,无法在我们记录它的几千年里解开。 或者,我们每年在研究上花费的数十亿美元太少了。 既定的激励机制和政策延续了研究孤岛,这无疑减缓了成功的步伐。

Download Free eBook医学研究人员在一种以保密为主导的职业文化中接受培训,他们必须保护自己的利益。 主流文化不鼓励分享研究成果和在项目上进行合作。 保护既得利益变得比利用学术界现有的庞大协作网络更为重要。

对于四分之一将死于癌症的人口来说,这种思维模式是难以接受的。 根据世界卫生组织的数据,每四例死亡中就有一例归因于癌症。

如果癌症研究人员能够采用像过去二十年彻底改变软件开发的开放和协作方法,会发生什么? 如果癌症研究可以开源呢?

Linux 取得成功是因为一大群人认识到了一种需求,并就满足这种需求的过程达成了一致。 开源方法的精妙之处在于参与其中的大量智力。 开源社区表明,网络的集体智慧大于任何单个贡献者。

虽然这个术语归因于软件开发,但这个想法并非如此。 事实上,一些医学研究确实使用了这种方法,就像 Linus Torvalds 和其他人开发开源操作系统一样。 例如,人类基因组计划非常成功地分发了基因图谱,以加速基因组的测序。 HGP 团队在互联网上公开了他们的数据。

最近,哈佛大学的研究人员团队发现了分布式研究的力量。 Dana Farber 癌症研究所 Jay Bradner 领导的团队发现了一种小分子抑制剂,该抑制剂显示出有望中断癌细胞侵袭性生长的能力。 这种小分子抑制剂被称为 JQ1——以发现它的化学家 Jun Qi 的名字命名——其工作原理是抑制一种蛋白质(含溴结构域 4,或 Brd4),这种蛋白质对于 Myc 调节基因的表达是必需的。 据信,突变的 Myc 基因是许多癌症的根源。 没有 Brd4,Myc 保持非活性状态。 抑制 Myc 可能是成功治疗癌症的关键部分。

利用来自受影响患者的细胞,Bradner 的小组成功地在小鼠体内培养了癌症,并发现接受该化合物的患癌小鼠存活了下来,而未接受该化合物的患癌小鼠则迅速死亡。

Bradner 的小组没有秘密运作和保护他们的工作,而是分享了它。 他们只是开始邮寄给朋友。 他们将其发送给牛津大学的晶体学家,他们发回了一张信息丰富的图片,帮助 Bradner 博士的团队更好地了解这种小分子抑制剂如何有效地对抗 Brd4。

他们将样品邮寄给美国 40 个实验室和欧洲另外 30 个实验室,鼓励这些实验室使用它、在其基础上构建,并分享他们的研究结果作为回报。 由于这种开源方法,Bradner 博士的团队在不到一年的时间里了解到,JQ1 小分子抑制剂可以阻止白血病细胞的生长,使受影响的细胞表现得像正常的白细胞。 另一个小组报告说,多发性骨髓瘤细胞对 JQ1 反应显着。 还有人发现,这种抑制剂可以阻止脂肪细胞储存脂肪,从而预防脂肪肝。

Bradner 发表了他的研究结果。 他公布了该化合物的化学特性,告诉研究人员如何制造它,甚至提出向医学研究界的任何人提供免费样品。 (如果您是一位想要 JQ1 分子样本的研究人员,您甚至可以通过 Twitter @jaybradner 联系 Bradner 的实验室。)

Bradner 认为他早期的成功不仅归功于科学,也归功于策略。 使用开源方法、分享有关该分子的信息以及众包研究和测试,说明了开放方法可以为医学研究和原型药物发现的难题带来的机遇。

在他最近发布的 TED 演讲视频中,Bradner 博士解释说,他坚信在研究人员之间免费提供药物原型将有助于加速向受影响的患者交付有效的抗癌药物。

通过更多的实践——以及彼此之间以及这种协作研究的更多熟悉——科学家可以将大型、复杂、耗时的项目分解为更小、可实现的部分。 通过在许多小组之间分散这些小任务,可以在大大减少的时间内完成更多的工作。

使用旧的研究模型,Bradner 的团队可能在第一年就了解到 JQ1 会影响 AML 细胞。 但他们可能要到明年才能研究白血病,几年后才能意识到它也可能影响脂肪肝。 您认为旧方法为我们今天需要的药物开发增加了多少年?

现在是认真考虑科学研究的不同模式的时候了——一种直接参与并造福社会、鼓励开放获取和科学信息自由交流的模式。 对患者的好处将是巨大的。





标签
User profile image.
Lori Mehen 是红帽公司品牌传播 + 设计部门的客户经理。 她在加利福尼亚州洛杉矶长大,现在与丈夫和三个孩子居住在北卡罗来纳州达勒姆。 Lori 喜欢滑水、烹饪和赛车。

8 条评论

我是 EDGARDO GUTIERREZ 医生,我本人也是一名癌症幸存者,我只想感谢大家做得好。

我患有 MDS,我认为这些想法很棒。 我不是阴谋论者,但我确实同意,有些势力正在起作用,他们会尽一切可能保护自己的利润。 特别是化学疗法是一个价值数十亿美元的产业,它永远不会在没有踢打、尖叫和伤害人们的情况下衰落。

“开源”概念可能是最有效的反击方式之一,因为它使得隐藏任何肮脏的手段来阻止难以从中获得尽可能多利润的那种进步变得更加困难。 但我不禁想到,FDA 和/或其他组织如此大力投资于这种事情不成功,他们会想方设法设置难以逾越的障碍。 他们可以延迟或无限期推迟他们想要的任何东西的批准,他们可以指定无法成功的测试条件,或者他们可以将任何类型的副作用,即使是轻微的或想象中的副作用,解释为过于危险。 他们甚至有权修改法律以使其对自己有利。

他们肯定会使用宣传来诋毁任何威胁他们权力的“开源”运动。 在大多数人看来,FDA 是一个受人尊敬的“权威机构”,旨在保护我们,他们很容易将此类事物描绘成被误导或愚蠢的理想主义,不值得认真对待——并且最终是危险的,因为人们会被它所迷惑,而不是寻求“严肃的”治疗。

正如我所说,我不是阴谋论者,我不认为他们是邪恶的,而且我相信在许多情况下他们确实合法地保护了我们。 没有人会否认 FDA 内部有很多有品格的人在工作。 然而,事实是,当涉及到真正的大笔资金或他们的权威受到挑战时,他们就会变成另一种动物。

抱歉这么消极,但我对这个概念非常积极,我希望它能成功。 对于任何参与者,请继续努力!

令人失望的粗心报道——仅举一个例子,根据世卫组织的报告,只有在最富裕的国家,四分之一的死亡可归因于癌症。 引用另一份世卫组织报告——在低收入国家……人们主要死于传染病:肺部感染、腹泻疾病、艾滋病毒/艾滋病、肺结核和疟疾。 许多学者已经很容易地分享信息。 肯定有改进的空间,开源运动可能会提供一些有益的见解,但草率和耸人听闻的报道削弱了论点。

从逻辑上讲,最好问一下是否有任何理由没有癌症疗法。 既然这种说法似乎是负面的,那么为什么我们找不到一种呢? 深入的研究表明,已经有几种疗法,但癌症行业选择忽视它们。 似乎物理学和生物学领域需要更新,这是奥尔布里希博士的 Erganon 显微镜结果的后果。 碱性血液酸碱度似乎是西蒙奇尼博士和莱夫记录的疗法以及其他基于植物化学物质的疗法的根源。 事实上,医学和科学领域的彻底革命似乎即将到来。
理学学士物理学,ARCS

有很多关于癌症和其他疾病的免费数据的例子。 在 NCI,可以获得数十万种结构(包括大多数批准的药物)、体外和体内抗肿瘤数据的资料(请参阅 http://dtp.cancer.gov/webdata.html 和 http://dtp.cancer.gov/docs/dtp_search.html)。 还有基因表达数据(http://dtp.cancer.gov/mtargets/mt_index.html 和 http://cgap.nci.nih.gov/)。 更广泛地说,PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcassay) 拥有数百万种化合物和数千种生物测定。 它部分由分子库计划 (https://commonfund.nih.gov/molecularlibraries/) 提供,其中同意及时将高通量筛选数据放入 PubChem 是测定被该计划接受的先决条件。 公开可用的数据远多于正在使用的数据。

好文章。 除了特定的研究背景(癌症研究)之外,我喜欢我从中看到的中心思想:在研究中,合作比竞争更有价值(就知识积累和社会效益而言)。
不幸的是,今天迫使研究人员相互竞争的相反理念正在获得共识。
一个个人例子:在意大利,ANVUR(国家研究和大学评估协会,或多或少)提出了一项提案,根据该提案,只有排名前 25% 的教授(根据某种尚待定义的评估方法)才能招收博士生。 这使得我的所有同事都成为我的竞争对手。 (请注意,招收博士生不是奖励,而是研究工作的必要条件。)到目前为止,如果我的同事向我索要,例如,我的团队开发的某个软件,我会毫不犹豫地给他。 他会做一些研究,发表一些引用我工作的论文。 一切都会很好。 现在,在这种竞争方法下,我不确定将软件给我的同事是否对我有好处,因为他会利用我的工作获得优势,而且他发表的每一篇论文对我来说都是一个小小的倒退。 最终,我们可能会面临一个由不相互交谈的“单子”组成的研究界。
提出竞争方法的人说,有必要在系统中引入一些反馈,以避免出现搭便车者。 尽管我同意,如果不加以控制,就存在让搭便车者上船的风险,但我认为,超竞争方法是一种过于强烈的解决方案。 请注意,“摆脱搭便车者”与“仅允许 25% 的研究人员从事他们的工作”不同。

不幸的是,我认为这篇文章中存在一个基本假设,即人们选择研究是出于正确的原因。 在学术界工作了二十年后,我可以告诉你,发表文章和赢得研究资金才是游戏的关键——解决这场危机将是多么大的灾难。 如果没有癌症、艾滋病毒和其他严重疾病,终身教职的状况会怎样? 我很抱歉这么悲观,但我认为你戴着玫瑰色的眼镜让你假设,那些为了生存而发表文章并在他们的花园里安装了无边泳池的研究人员,由于他们的终身职位和薪水,实际上想要改变世界。

想看看现实生活中 5000 万美元的合作在研究 1 中的运作情况吗? 试试 iPLANT……来自 NSF 的 5000 万人,在过去的五年里什么也没做,什么也没做,有可能续签五年。 十年后,他们仍然一事无成。 唯一从这个项目中受益的人是那些从 NSF 获得巨额薪水的人——这就是我所说的(纳税人)合作。 你应该去看看。 让我们看看同一机构的 MD 研究人员的收入为 42.5 万美元,他们维持这些职位的能力需要开发主要获得专利的技术。

现在的系统不会支持这种想法。 对不起。 首先改变这个通过学术界,尤其是科学和医学研究来促进贪婪和牟取暴利的系统。 我的一些看法。

美国“心怀不满的人”。

感谢您提供这些信息。 它增加了我对癌症的了解。 上帝保佑!

Creative Commons License本作品根据知识共享署名-相同方式共享 3.0 未移植许可协议获得许可。
© . All rights reserved.