使用 Blender 准备骨科手术

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骨科手术的计划是一个复杂的过程。在很多方面,这就像蒙着眼睛工作一样;外科医生在实际手术期间,即时间最紧迫的时候,才能看到需要处理的骨骼。即使有 X 射线和 CT 扫描,原始数据也可能难以正确解读。幸运的是,开源软件可以(并且确实!)帮助减少猜测。

在 2015 年 Blender 大会上,Vasily Shishkin 就他的研究项目以及 Blender 和 3D 打印在骨科手术计划和引导中的应用做了一个 非常有趣的演讲。(友情提示:他的演示文稿中包含一些实际手术的图像,如果这类内容让您感到不适,请不要观看。请观看文章末尾的视频。)

您可能会发现自己在想,“等等。Blender?是那个用来制作精美图像和动画的 Blender 吗?那个 Blender?” 是的。就是那个 Blender。

尽管 Vasily 使用的案例非常酷,但其过程非常直接。他们获取要进行手术的骨骼的 CT 扫描,以及身体另一侧相应的健康骨骼。这些 CT 扫描被转换为 3D 网格数据并加载到 Blender 中。在 Blender 中,健康骨骼的网格被镜像,并作为模板来展示需要在需要手术的骨骼上执行的矫正操作。该网格甚至可以用于构建精确的 3D 模型,以辅助手术过程。这些模型经过 3D 打印并在实际手术中使用。

当然,这引发了更多问题,所以我设法在会议结束后赶上了 Vasily,并向他抛出了一些问题。

我发现您特意选择 Blender 很有趣,因为它不是一个带有大量精密工具的 CAD 软件包。但是,您也在使用 3D 打印,这有时需要精确度和准确性。缺少这些工具或精度是否给您带来任何问题?

我使用 Blender 是因为它没有为了特定目的而过度加载特殊的工程测量工具,例如确定物体的壁厚或测量密度不同的材料的张力或扭转。我们在临床医学中不需要这些。

人体具有强大的适应机制。肢体的总体缩短可以达到 4 厘米。如果解剖结构发生变化,身体会自行适应。但是,当这些变化严重并引起患者疼痛和不适时,外科医生就会介入。如果您在大型节段(例如股骨)的手术中错过了几毫米,那没什么大不了的。较小的局部区域显然需要更高的精度。我们需要 Blender 提供 3D 可视化,以接收有关畸形的信息并找到纠正它的解决方案。至于 3D 打印,它运行良好。我们在干预过程中没有遇到任何问题。

精度主要取决于 CT 数据的分辨率。我们使用基本的工具集——例如距离和角度测量。其余的计算是根据健康一侧的相对骨骼对齐方式进行的。

您从 CT 扫描中获得的 3D 模型有多复杂?Blender 在处理这种密集的几何图形时表现如何?

我们在 Blender 中获得的模型可能非常大——高达数百万个顶点——这可能是一个问题。网格的细节越少,我们能从中获得的信息就越少。降低多边形数量是不可能的,因为它会减少细节。因此,我们必须非常准确地使用抽取和重新网格化工具,以保持模型的 информативность。总的来说,如果将每个模型的顶点数保持在约 60,000 的合理范围内,Blender 表现良好。

您是否对 Blender 进行了任何更改,或者您希望进行哪些更改,以使其更适合您的使用方式?

我目前正在开发一个插件,该插件将允许新的 Blender 用户立即开始使用该软件。它只是一组在面板中实现的标准工具,但我相信它可以帮助人们快速熟悉该系统。

您多久使用 Blender 计划手术?

在我们的诊所,每个复杂的临床病例都会使用该系统进行治疗。这取决于许多因素,但时不时就会出现问题患者。目前,我们肯定每周会遇到一次这样的病例。目前,接受治疗的患者总数已超过 80 例。

您在会议演讲中提到,您希望编写一个自定义脚本或工具,以更好地促进 3D 模型的自动对齐。会议上是否有人能够帮助您?对于没有参加演讲的人,您能否解释一下为什么这对您如此有用?

这种计划方法的主要优点是我们使用患者的解剖结构,依靠来自对侧肢体的 3D CT 扫描数据作为参考或重建模板。这可以清楚地了解所需的矫正量。我们叠加健康和畸形骨骼的网格,并对齐匹配的部分,使偏差变得可见。目前这是手动完成的,需要时间。此外,即使对于医生来说,骨骼解剖结构也可能非常复杂难以理解。自动化两个相似网格的对齐程序可以帮助解决这个问题。

在会议上有人向我走来,之后也收到了一些电子邮件。提案各不相同:有些人只是感兴趣,而另一些人则提供他们的编程技能。因此,如果有人可以帮助或提供关于如何实现自动化的建议,那将非常棒。

其他医生如何看待这种技术?

当我在医学会议上谈论这种技术时,反应各不相同。一些外科医生很着迷,而另一些外科医生则试图向我证明这种东西毫无用处,而且手术领域已经没有什么可发明的了。医生们相当保守,很难说服他们尝试新事物并跳出固有思维模式。但我相信,在未来,计算机辅助手术将成为一种标准,就像今天的工程设计中的计算机辅助设计一样。毕竟,人们只会从获得一流的医疗保健中受益。


 

Blender Conference 2015Blender 是一款免费开源的 3D 创建套件。Blender 大会是在阿姆斯特丹举行的年度活动,供开发人员、设计师和爱好者了解更多关于 Blender 技术、功能和工具的信息。

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Jason van Gumster 大部分时间都在编造东西。他写作、动画制作,偶尔也教书,所有这些都使用开源工具。他经营着一家小型独立动画工作室,撰写了《Blender For Dummies》和《GIMP Bible》,并继续通过 [有时] 每周播客《Open Source Creative Podcast》来分享他的经验。在 @monsterjavaguns 上冒险(和谎言)。

3 条评论

他正在寻找的脚本:我想知道 Hugin Panorama Creator 是否对他有用?

除非我弄错了,否则 Hugin 是用于静态图像的。他有兴趣自动对齐两个程序生成的(通过 CT 扫描)3D 网格。话虽如此,您提出了一个有趣/有前景的工作流程方法。像 Hugin 这样的全景拼接器(以及运动跟踪软件)允许您手动标记不同图像中的对应点。像 Vasily 想要的那样的对齐工具可以使用类似的机制。您在两个网格上选择对应的点,Blender 会自动将一个网格对齐到另一个网格。

回复 作者:JohnH (未验证)

非常好的演示文稿,也是教授和使用开源 Blender 软件的正确领域。

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